Там же есть папки в корне -themes, blocks,tools и т.п. и точно такие же папки есть в директории concrete. Так что если вы хотите что-то изменить, то просто копируете нужный файл из директории concrete в соответствующее место в корне сайта. Насколько мне известно - файлы в корневых каталогах имеют приоритет по сравнению с файлами в папке concrete.
Объясню на пальцах:
в папке КОРЕНЬ_САЙТА/concrete/blocks/autonav/templates есть файл header_nav.php. Копируем этот файл в папку КОРЕНЬ_САЙТА/blocks/autonav/templates и вносим в этот файл изменения. В результате на сайте будет применен именно второй файл, который мы скопировали.
Итак, если что-то менять, то создавайте копии файлов в корневых каталогах и вносите в них изменения, а папку concrete не трогайте, чтобы при обновлении не потерять важные данные.
Вам я бы предложил следующее: 1.сделать бекап сайта (на случай неудачной попытки). 2. Вспомнить какие файлы Вы меняли в папке concrete, взять их и скопировать в корневые каталоги, после этого смело производить обновление
