Сoncrete5 Russia

Сейчас разрабатываю сайт с использованием eCommerce. По требованию заказчика приходится ковырять код модуля. Касается отображения в основном.
Чем это чревато при обновлении модуля?

Ничем. Только если испортите отображение.
Логика не пострадает.
Не меняйте ID и CLASS элементов. На них может работать JS.
В другом случае - ничем. Меняйте как душе угодно.
Там окна на jQuery UI - тему переделать надо.