Анализ показал что в процессе сохранения настроек кеширования (и не только, например с отладкой то же самое) происходит последовательное сохранение в файле конфигурации /application/config/generated_overrides/concrete.php заданных значений.
При этом алгоритм сохранения устроен так:
- загружается файл конфигурации (это массив php), в который будет сохраняться параметр;
- в загруженном массиве ищется параметр и меняется его значение, если же параметра нет, то добавляется;
- файл сохраняется на диск.
PS: Вообще в коде множество проблем, множество E_NOTICE и E_STRICT. Например, при попытке получить значение $_POST используя метод контроллера post(), система улетает в собственный обработчик ошибок с E_NOTICE поскольку метод Request::post не объявлен статическим, естественно нужное нам значение мы не получаем. К промышленной эксплуатации система пока не готова, печаль